单细胞测序(单细胞测序和转录组测序的区别)

单细胞测序，单细胞测序和转录组测序的区别？

普通转录组和单细胞转录组分析到的数据精度是不一样的。举个例子，分析一杯混合果汁，普通转录组的精度相当于分析到这杯果汁糖分，维生素，纤维素等的含量各是多少，即BULK，而单细胞转录组测序的精度则能达到这杯果汁来自橙子，草莓，猕猴桃等的对应营养元素的含量分别是多少。

普通转录组测序获得的是一个大的细胞群体中单个基因的平均表达水平，可以用来比较不同组织间的表达差异。但对于异质性较强的系统（复杂的组织如肿瘤）还是不够，很多低丰度的信息会在整体表征中丢失。

单细胞测序技术则解决了这一问题，在单个细胞水平上构建每个细胞的表达谱。它能够揭示单个细胞的基因表达状态，反映细胞间的异质性，发现新的稀有细胞类型，并深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。

单细胞测序和三代测序有什么区别？

二者在测序方法和范围上不同。三代测序是纳米孔测序技术，DNA分子依靠核酸外切酶以一次一个碱基的速度通过小孔，一个单孔能在大约70天左右测定一个完整的基因序列。

该技术出现于2008年前后，读长优于二代测序，无须对样本进行扩增，但目前测序成本高，准确率较差，还未获大规模商业推广。

单细胞测序测量的是细胞群中单个细胞的基因组，DNA-甲基组或转录组（scRNA-seq）。

单细胞测序技术原理？

单细胞测序首先不是仅仅对一个细胞进行测序，而是说该项技术能对单一细胞的基因组或转录组进行测序，可以理解为单细胞水平上的测序。

单细胞测序技术能解决什么传统方法解决不了的问题。

世界上没有两片相同的叶子，对于多细胞生物来说细胞与细胞之间是存在差异的，很多时候是基因组、转录组上的失之毫厘，功能上的差之千里。

比如在肿瘤组织中，肿块中心的细胞与肿块周围的细胞，原发灶与转移灶的细胞，其基因组与转录组等遗传信息是存在差异的，这也就导致不同肿瘤细胞表现出免疫特性、生长速度、侵袭能力等表型方面的差异，最终导致对不同抗肿瘤药物的敏感性不同或放疗敏感性的差异。

genomics技术特点？

ChromiumTM Single Cell 3′ Solution是基于10 X Genomics平台，能够一次性分离、并标记500–10000个单细胞，并能在单细胞水平进行检测的技术，其通过微流控系统，将单细胞或长片段DNA分子快速分配到油包水的微反应体系中，每个微反应体系中的单DNA分子会获得唯一的特异性分子标签，制备生成的测序文库可以在illumina平台进行测序，并由10x Genomics提供数据分析及可视化软件，测序实验及分析流程可以和illumina系统无缝衔接。该平台广泛应用于3’单细胞转录组测序、基因组组装应用、免疫组库测序、ATAC-seq、人全基因组及全外显子组测序。

10x Genomics单细胞转录组测序有效地解决了组织样本无法破解的细胞异质性难题，有助于发现新的细胞类型；并基于大量的单细胞基因表达数据，可以提供细胞表达特征聚类、亚群表达特征的分析、标志物筛选等方面的分析，是一种高效的单细胞基因表达水平检测技术。

10X GENOMICS单细胞转录组测序优缺点

10x Genomics单细胞转录组测序优点

1、简单便捷：集单细胞分选、扩增、建库于一体；

2、细胞通量高：每个样本细胞数可达500-10000个；

3、建库周期短：1天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库；

4、超高捕获效率：单细胞捕获效率高达65%；

5、真正意义的单细胞：单个液滴捕获到多个细胞的概率极低（0.9%/1000cells）；

6、价格实惠：相较于其它单细胞平台，价格实惠。

10x Genomics单细胞转录组测序缺点

1、非全长信息：只能获得3’端转录本信息；

2、样本要求高：单个样本细胞起始量达10^5-10^6个，活细胞数目需超过80%，建议在90%以上最佳。